Matthias Brenner wurde 1957 in Meiningen geboren, erlernte zunächst den Beruf des Drehers und schloss anschließend ein Fachschulstudium an der Staatlichen Schauspielschule Berlin (heute Hochschule für Schauspielkunst »Ernst Busch«) ab. Sein erstes Engagement als Schauspieler führte ihn nach Annaberg-Buchholz, 1984 inszenierte er dort erstmalig. 1985 wechselte Matthias Brenner als Schauspieler und Regisseur ans Schauspielhaus Erfurt. URFAUST, SOMMERNACHTSTRAUM und DER SELBSTMÖRDER von Erdmann waren seine wichtigsten Arbeiten. Ab 1989 arbeitete Brenner als freier Schauspieler und Regisseur, so u.a. in Frankfurt/Main, wo er den Jean in Strindbergs FRÄULEIN JULIE unter der Regie von Leander Haußmann spielte. Im Mai 1992 wechselte er als Schauspieler an das Schillertheater Berlin unter der Leitung von Alfred Kirchner und Alexander Lang.

Seit 2000 ist Matthias Brenner wieder als freier Schauspieler und Regisseur unterwegs. Er inszenierte in Darmstadt, Chemnitz, Magdeburg, Rostock, Schwerin und Meiningen oder auch an den Kammerspielen des Deutschen Theater in Berlin und an der Volksbühne.

Eine weitere wichtige Komponente in Matthias Brenners Werdegang war die intensive Zusammenarbeit mit Schülern und Studenten. An der Gründung und Entwicklung des Kinder und Jugendtheaters »Die Schotte« in Erfurt war er viele Jahre maßgeblich beteiligt. Seit einigen Jahren arbeite Matthias Brenner auch als Autor, Schauspieler und Regisseur im »Theater am Rand« in Zollbrücke im Oderbruch an der polnischen Grenze gelegen zusammen mit Thomas Rühmann und Tobias Morgenstern aktiv mit.

Mit der Spielzeit 2011/12 ist Mattias Brenner künstlerischer Direktor des neuen theaters Halle. Im Juli 2011 brachte die Oper Halle Karel Svobodas Musical DRACULA in seiner Regie heraus.